נקודת ההתחלה הינה ליד קופות הגן הלאומי בכניסה לעין עבדת (למטה מתחת למדרשת בן גוריון). נצא מחניון כלי הרכב בשביל להולכי רגל בסימון כחול דרומה אל עבר הקניון של עין עבדת. לאחר כ-300 מטר נעבור עץ אלה אטלנטית בודד ומרשים. נמשיך בשביל עם הסימון הכחול לתוך הערוץ תוך חציית פלגי מים זורמים. לאחר כ- 800 מטר נראה מימיננו גרם מדרגות העולה בסימון כחול. לא נעלה בו עדיין, על מנת שנוכל להמשיך אל המעיין. נחלוף על פני המדרגות ונלך שמאלה עם הערוץ כ-100 מטר לכיוון בריכת עין עבדת הנמצאת מתחת למפל. לאחר התרשמות מהמפל והבריכה העמוקה שתחתיו, נחזור לגרם המדרגות אותו עברנו קודם, ונתחיל בטיפוס למפלס הגבוה של הערוץ. בין סלעי הקירטון הבהירים, נזהה את אבני צור הכהות המבצבצות ובולטות על הרקע הבהיר. הצור הינו סלע משקע ייחודי, שנוצר בתהליך מורכב ונדיר ממינרל הצורן, שהרכיב בעבר את שלדיהם של יצורים חד תאיים זעירים ששייטו במימי ים התטיס הקדום (יצורים אלה נקראים רדיולריה ודיאטומיאה). בעלי החיים הימיים הללו ששלדם היה בנוי צורן שקעו בתחתית האוקיינוס הקדום (תטיס), אשר כיסה את אזורנו לפני כ- 40 מיליון שנה. שלד עשוי צורן נחשב לתופעה נדירה בטבע, שכן מרבית בעלי החיים בונים את שלדם מקלציט, מבוססת סידן ולא מצורן. במעלה המדרגות נפגוש במערות טבעיות, אשר הורחבו לשימושם של נזירים שחיו בהן במהלך התקופה הביזנטית (מאות 4-7 לספירה). נמשיך בהליכה מראש גרם המדרגות בשביל הצר ונתבונן על בריכת עין עבדת מלמעלה. נחצה לצידו השמאלי של הערוץ ונמשיך בשביל העובר דרך חורשת צפצפות הפרת המפוזרות במדרון התלול כשלצידן צומחים כמה עצי דקל מרהיבים. העלייה מתחתית קניון עין עבדת ועד לסיום הטיול בחניון עין עבדת עליון דורשת טיפוס בגרם מדרגות חצוב, המטפס כ-200 מטר, המפרידים בין תחתית הקניון לחניון העליון. סיום המסלול בחניון עין עבדת עליון.
